元朝疆域管理中今台湾地区设置的机构是：

正确答案：C

花生十三讲解

本题用常识判断-关键词定位法（澎湖巡检司）。元朝在今台湾地区设置的机构是澎湖巡检司：管辖澎湖和台湾，是中央政权首次在该地区设置行政机构。市舶司管海外贸易，台湾府设于清代，宣慰司管边疆民族地区，均不符。故选C。

原解析

元朝在今台湾地区设置澎湖巡检司，负责巡查与管理，这是历史上中央政府首次直接管辖台湾的举措。市舶司主管海外贸易，宣慰司掌管边疆军民事务，台湾府则为清朝所设，因此C项正确。