人体肠道内生物的多样性令人惊讶，除细菌外，还 着数十万种被称为噬菌体的病毒，这些…

正确答案：A

【正确率 88%｜考点：关联关系-转折关系】
第一空，所填词语搭配“病毒”，表示人体肠道内存在病毒。A项“潜伏”、B项“分布”、C项“活跃”用在此处均可，保留。D项“充斥”指充满、多得到处都是，正常的人体不可能体内到处都是病毒，用在此处程度过重，排除。
第二空，横线前出现“但”“却”表示转折，根据前文“众所周知”可知，转折前表示人们对肠道微生物了解的足够多，故所填成语表示人们对肠道细菌及噬菌体的作用了解的少。A项“知之甚少”指对某方面知道的太少，符合文意，当选。B项“浑然不觉”指毫无察觉，文段讨论的是人们对微生物的具体作用是否了解，而非是否察觉其作用，排除；C项“束手无策”形容遇到问题时毫无解决的办法，文段并非强调没有解决办法而是知道的少，排除。
故正确答案为A。
【文段出处】《人肠道内竟有超14万种病毒，其中一半以上从未见过》
考点关联关系-转折关系混搭填空词的辨析-搭配对象