对被告人在第一审程序中未认罪认罚，在第二审程序中认罪认罚的案件，二审法院应当：

正确答案：D

【正确率 55%｜考点：诉讼法】
本题考查法律常识。
D项正确，A、B、C三项错误，《关于适用认罪认罚从宽制度的指导意见》“十、审判程序和人民法院的职责”中指出：“50.第二审程序中被告人认罪认罚案件的处理。被告人在第一审程序中未认罪认罚，在第二审程序中认罪认罚的，审理程序依照刑事诉讼法规定的第二审程序进行。第二审人民法院应当根据其认罪认罚的价值、作用决定是否从宽，并依法作出裁判。确定从宽幅度时应当与第一审程序认罪认罚有所区别。”
故正确答案为D。
考点诉讼法